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更新:2012.05.01

リンク先:このウェブは弘前大学・石川の研究紹介をしています.Google研究室カレンダー,旅行中の連絡先はricebrd@mac.com

次世代シークエンサー情報ページ:Thread for NGS communitySEQanswers, BWA, BWAmanualSamtool, PERLUNIXコマンドmtDNA info.UCSC genome bioinformatics,BWAFaq thread,Short Genome DB(NCBI,NIG,BGI, ),R関係情報(グラフィックス,Rstuidio,R)
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DIvergence(Time tree, )
科研費,Genome DB: DDBJ(BLASTKey word search, ORF-number search:emsembl plants),Gramene(Sequence-blast, SSR-tool, Exploere genome), deCAPS/CAPS marker finder, 反復配列検索(Repeat-masker), NCBI(PubMed,plant genome),OryzabaseRGP(RAP DB, コシヒカリSNP/SNPbrowser,  Tos, 完全長cDNAはKome),Rice anatomy, イネゲノム染色体情報(BLAST,RAP-DB Build 5;BLAST、Build5 vs MSU ver6converter;BLASTクローン情報転写因子,Freeling lab;COGE) DNA/proteinモチーフサーチ,解析ソフト:SITES (Hey lab), DnaSPTassel, Powermarker, MEGA, Structure, GeneAlex ,GenePop, Populations, FSTAT, SPAGeDi , Arlequin,系統樹作成ソフト:Beast Evolutionary Analysis ,系統樹作成( FigTree),DataConvert (Mega-Nexusへのデータ変換),Nexusデータ樹形再変換(TreeView), 塩基配列の操作ならAPE,MacならGeneious,PCRプライマ−チェック(MacOSXはAmplify3Primer3),ベックス, BioEdit (alignment),NIKON ViewNX2ゲノム解析ツール

Journals : EvolutionMol.Ecol. Ecology and Evolution, GRACEPlant Biotechnology JournalPNAS,Genetics,Mol Phy Evol.,

オーストラリアの生物

私は誰?

DSC_0448.JPG
パパイヤトラップに引っかかったオポッサムでしょうか.



私は誰?

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エミューの親戚は各大陸にいるようですね.

まっしぐらと恋ほのかの全ゲノム93%以上解読

まっしぐら-恋ほのか.JPG
写真は左からまっしぐら(籾付き小穂,玄米),恋ほのか(玄米と籾付き小穂).まっしぐらは良食味です.しかし,今後の温暖化状況では胴割れなどの障害粒も懸念されます.一方,恋ほのかは同じ青森県が育成した香り米ですが高温登熟時にも被害粒が少ない性質を示します(青森県農林総合研究センター川村ら発表).その形質を良食味にいれるために利用するゲノム情報を解読しました.

スライド03.jpg

温暖化条件を人工的に作って障害程度を比較

高温登熟時の温度が高い新潟においても恋ほのかは強い耐性を示しています.この性質は,日本晴と比較して9万の異なる塩基情報の中に含まれているため,現在解析をすすめています.

タイのイネ育種

DSCN0408.JPG

N14.3770, E100.4344 この場所をGooglemapで探せますか? NIKONView NX2ならGPSデータ付き画像を簡単に探せます.  

巨大籾(彫像)がパトンタニ・イネ試験場に設置しているのをみることができます.これは日本の彫刻家,田辺さんの作品です.彼は野生イネの生命力に着目して,作品を生み出しながら,野生イネ保護などに力をいれています.オーストラリアにも作品あるんですよ.



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JICAの協力により設置された半自動のイネ種子保存庫

タイのパトンタニ研究所には,イネ局管轄の育種,遺伝資源センター以外に,バイオテクノロジー研究部門が農務省管轄にて設置されています.そのバイテク部門の遺伝資源センター写真です.

2012年4月オーストラリア野生イネ調査

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赤い野生イネ

この水源は乾季にも残るため多年生ならびに一年生の野生イネがみられます.Pandanas-ragoonにて


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Mareeba Wetland

水源地帯の岸辺には一面の野生イネがみられます.

学会・研究機関:日本育種学会遺伝学会, Society of Ethnobiology, 農業生物資源研究所総合地球研,UCB東亜研究所IRRI,ニューヨーク大学Purugganan研究室,クイーンズランド大学:ロバート・ヘンリー教授(QAAFI) ,CLRRI(クーロンデルタ稲研究所),タイ・パトンタニ稲研究所,カンボジア稲・潅漑研究所(CARDI),カンボジア王立農業大学青森県農林総合研究センター,北陸農研センター三内丸山遺跡
大学:弘前大学農学生命科学部岩手連大,電子ジャーナル弘前大学農学生命科学部後援会,リンゴの会Web大学生協
その他:JALタイ航空,QANTAS, JetStar, 弘南バス(空港線),駅ネット成田空港羽田国際空港
Journals : EvolutionMol.Ecol. Ecology and Evolution, GRACEPlant Biotechnology JournalPNAS,Genetics,

*日本学術振興会:二国間共同研究(申請:弘前大学,石川,相手国:オーストラリア)開始(2011-2012),2011調査5/3-10 オーストラリア調査終了,2012調査4/10-18野生イネ会議,調査

Link: NSW flora online, PNG plant Database, Virtual herbarium in Australia,
Royal botanic Garden, Queensland Herbarium,サザンクロス大学遺伝資源保全センター,ジェームスクック大学(Marine and Tropical Biology),クイーンズランド大学(QAAFIセンター),Queensland herbariumQueensland government,
調査地(Wet tropics in Australia):調査申請書Eco Access, Wet tropicsAustralian Region Visible Satellite ImageLakefield National Park道路情報, 国外運転免許, Marreba Wetland,Lions Den Hotel , Lakeland-downs-motel,Ciarns-queens-court,Toowong Villages(BNE),大学生協関連海外保険

2011年5月オーストラリアの野生イネ調査
詳細はサイドにて

DSC_0082.JPGP5サイト:一年生/多年生混合集団DSC_0095.JPGP10サイトに向かう

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This week photo is Budda in Angkor Tom, Cambodia. Inside Angkor Tom, we found Oryza ridleyi, which is a wild species preferred to live in fully sunshade. The genome is tetraploid, HHJJ.

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Bicycle and Guest7s seat. Photo was taken in Cantho, VIetnam.

弘前大学概算要求プロジェクト2011-2015年度「冷温帯地域の遺跡資源の保存活用促進プロジェクト
 - 環境激変期における資源利用戦略の学際的研究 -」北日本における環境激変への対策として,過去人類の遺跡資源に着目し,保存科学・植物遺伝学・地理学・地質学の各領域からの多角的分析と,国内外研究機関との連携によって,その資源の遺産的価値を向上させるとともに,その遺伝資源を利用した環境激変対応作物の開発を通じて,将来の地域開発・地場産業の活性化に寄与する。研究成果はこちらならびに人文での解説webに公開予定

オーストラリア調査のためのinfo.
協力大学:サザンクロス大学(遺伝資源保全センター),ジェームスクック大学(Marine and Tropical Biology),クイーンズランド大学(QAAFIセンター),Queensland herbariumAustralia Virtual Herbarium ,Queensland government,
調査地(Wet tropics in Australia):調査申請書Eco Access, Wet tropicsAustralian Region Visible Satellite ImageLakefield National Park道路情報, 国外運転免許, Marreba Wetland,Lions Den Hotel , Lakeland-downs-motel, Ciarns-queens-court,Toowong Villages(BNE),大学生協関連海外保険

*本がでました!!

ユーラシア農耕 1.モンスーン農耕圏の人びとと植物 (臨川書店)

アジア遊学(勉誠出版) No.55 メコン 風土と野生イネ 19-29ページ(2003),

佐藤洋一郎・石川隆二(2004) 〈三内丸山遺跡〉植物の世界,裳華房,東京.

石川隆二 イネの原産地と日本への伝播 食品と容器51(8):470-477(2010)

Henry, RJ, N. Rice, DLE Waters, S Kasem, R. Ishikawa, Y. Hao, S. Dillon, D. Crayn, R. Wing, and D. Vaughan. Australian Oryza: Utility and Conservation. Rice. DOI: 10.1007/s12284-009-9034-y

K. Tanaka, R. Ishikawa:Rice archaeological remain and possibility of DNA archaeology.Arch. Anth.Sci. 2:69-78.2010年

田中克典・宇田津徹朗・石川隆二 前川遺跡亜から出土する植物炭化物におけるDNAならびにプラント・オパール解析.青森県埋蔵文化財調査報告書第475集 前川遺跡 第2分冊:97-100(2009)

Imai, K., M. MURAI, Y. Hao , Y. CHIBA, A. CHIBA and R. ISHIKAWA: Mapping of rice Ur1 (Undulated rachis-1) gene with effect on increasing spikelet number per panicle and sink size, and development of selection markers for the breeding by the use of Ur1 Hereditas Accepted(2009)

Akasaka,M., J. Ushiki, H. Iwata, R. Ishikawa and T. Ishii (2009) Genetic relationships and diversity of weedy rice (Oryza sativa L.) and cultivated rice varieties in Okayama Prefecture, Japan. Breeding Science 59:401-409.

Kawasaki, A.,K. Imai, J. Ushiki, T. Ishii, and R. Ishikawa (2009) Molecular constitution of weedy rice (Oryza sativa L.) found in Okayama prefecture, Japan. Breeding Science 59:229-236.

石川隆二・佐藤洋一郎(2009)地球環境問題と育種の貢献ー第114回秋季シンポジウム「東南アジアにおけるイネ育種の現場と地球環境変動下における今後のイネ育種課題」によせてー育種学研究11:59-60.

今井 克則, 千葉 悠貴, 田村 優佳, 竹谷 敦子, 村井 正之, 佐藤 洋一郎, 石川 隆二 (2008)イネ在来系統‘赤毛’から生じた新規変異体の遺伝解析.育種学研究 10:135-143.

田中克典・宇田津徹朗・石川隆二 前川遺跡亜から出土する植物炭化物におけるDNAならびにプラント・オパール解析.青森県埋蔵文化財調査報告書第475集 前川遺跡 第2分冊:97-100(2008)

Sakamoto S., Ishikawa, R., Nakamura, I., Sato, Y-I. and Shimamoto, S. Species identification of 6000-years-old beans from Sannai-Maruyama site, Aomori, Japan. Journal of fossil Research 39:1-6(2006) 日本化石学会誌 39:1-6(2006)

Ishikawa, R. S. Yamanaka Y. Fukuta S. Chitrakon C. Bounphanousay K. Kanyavong L-H. Tang  I. Nakamura   T. Sato and Y-I. Sato :Genetic erosion from modern varieties into traditional upland rice cultivars (Oryza sativa L.) in northern Thailand.Genet. Resour. Crop Evol. (2006)53:245-252.

Ishikawa, R., N. Toki, K. Imai, Y-I. Sato, H. Yamagishi, Y. Shimamoto, K.Ueno,H. Morishima, T. Sato (2005) Origin of weedy rice grown in Bhutan and the force of genetic diversity.Genetic Resources and Crop Evolution 52:395-403.

授業の質問はishikawa@cc.hirosaki-u.ac.jpへ!!

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お知らせ:講義板書については画像情報など他のソースからきたものを除外してダウンロードできるようにしておきます.これは講義の一部ですから,これだけでは講義が理解できないでしょうから工夫して活用してください.自分の必要な情報をかきいれるなどしてみてください

植物育種学I
PPTXダウンロード(資料1Pass付きApr26.pptxApr26PDF.pdf3.pdf, 4.pdf, PDFはAdobe-acrobatreaderをいれてください.)
ブログは開設まじか.

植物育種学II, 作物説明レジュメ見本は短期でのせておきます(資料例、ソバ.pptx).dCAPS作成リンク先(検索用お試し配列は左記ブログへ),SSR関連Web,詳細は左記リンク先ブログへ.Dec02関連文献リンク先wildrice,関連資料はOryzabase,


環境と資源
スライド資料スライド資料遺伝資源野生イネ多様なイネ環境適応型育種
耐暑性:にこまる(九州沖縄農業研究センター),にこまるの育成
耐病性:コシヒカリBL(新潟農業総合研究センター),育成
コシヒカリゲノム:プレスリリース, 

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Canoeing to wild!

At Cairns, shall we start?In front of 4WD at 6AM1st contact! It's wild, meridionalis at MareebaBesides sugarcane fieldGo beyondLunch, have a bite!Lakeland, fields of wild riceP24 site, where once Oryza australiensis was found. After burned small population shifted to the other side.australiensisBefore dry season, they prepared to shatter seedsP5 site, where annual and perennial sub-populations were coexisted.Work, work, and workHow their evolutionary way happenedWater liliesPp10 site, march to exact point GPS indicatedPerennial strains stands and annual fallen down after their shattering seedsEmergence of new shootsP12australiensis and meridionalis, maybe partly rufipogon Have enough yields?rhizomes of australiensisposeanother poseJpn2 site as perennial populationEnough water level to keep the populationNew root and shoot from stemsEmuuuuuuuuuuuuuuuu!New site!At the last moment before sunsetCheeseBirds over savanna orestBlue skyCappuccinoP26 siteCanoe againGold glorious life of perrenailsOne day afternoonStranger in dinner

2011Field research at Queensland, Australia

2007年Cambodia野生イネの調査2007年Cambodia野生イネの調査:人の生活する近くに野生イネが生息する2007年Cambodia野生イネの調査:道路脇に野生イネがみられる.2007年Cambodia野生イネの調査2007年Cambodia野生イネの調査2007年Cambodia野生イネの調査2007年Cambodia野生イネの調査2007年Cambodia野生イネの調査2007年Cambodia野生イネの調査2007年Cambodia野生イネの調査