Update:2017.06.22

This is a web site introducing Ryuji Ishikawa. Please visit English version (Click here).
Link: Google研究室カレンダー(hirosakioryza@gmail.com),旅行中の連絡先は ishikawa (at;ここにアットマークいれてください) hirosaki-u.ac.jp

*TE related DB SINE Base (SINE TE info), Repat DB, Repeat masker, Rep base,tRNA database,
*イネゲノム染色体情報(OryzabaseMSU-genomeRGP, RAP-DB;BLASTRAP DBSNP/SNPbrowserTos, Organella genome,mtDNA info,統合データベース,QTL info QTAROイネ品種データベース
*DDBJ(BLASTKey word search, ORF-no.search:emsembl plants
*Phytozome (GBrowse
*Gramene(Sequence-blast, SSR, Explore genome),deCAPS/CAPS , Repeat(TE) , download (Here), search(Repeat-masker), Primer 3 (ver4),
*MSU ( Annotation pro,Pseudo mol, Repat DB ),(cDNAはKome),Rice anatomy,,DNA/proteinモチーフサーチCLC genomics info

その他(解析ソフト:APE,大学関係,海外調査関係リンク先 LINK

,講義について
データ解析の基礎:データです data.xlsx
作物からみた生物文化多様性資料:0.pdf, 0-2.pdf, 1.pdf, 2.pdf, 3.pdf, 4.pdf, 5.pdf, 6.pdf, 7.pdf, 8.pdf
レポートa4-resume.pptx,レポート様式(sample.pdf)


作物育種学I(質問回答や試験対策はこちら): パワーポイント(password付き) 6.pdf, 7.pdf8.pdf9.pdf
*小テスト予定,次回7/6

ヒシプロジェクト開始しました

白神自然環境研究所の山岸先生(青森県のヒシ変異の調査と育種的改良)と石川隆二(中国のヒシの多様性評価のためのマーカー作出)を始めました.写真は福岡県大木町クリークでの栽培風景です.

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科研費基盤B(海外学術)4月調査はオーストラリアの野生イネ調査でした

写真はオーストラリア固有種のオーストラリエンシスの大平原!

オーストラリエンシスは栽培種でありサティバに比較してゲノムが分化しており,EEゲノムを有しています.

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オリザ・オーストラリエンスが主に生育しているクーインズランド州の西部を探索してきました.この種はどちらかというと南アメリカのCCDDゲノムに近いというデータもあります.一方,胚培養などを駆使して栽培イネに導入した断片から耐虫性Bph18がクローニングされ,育種にも期待されています.どのような変異が自然集団にあるかは未知です.2017年度はこの辺を少し明らかにして,ゲノムデータを得る予定です.来年は西オーストラリアを予定しています


夕日に映えるオーストラリエンシス

今日も一日疲れました.宿に帰ったらビールがまっているかな?

すでにハーバリウムのデータからは生息していることがわかっていましたが,いままでにみたことのないくらいの大集団がいました.一日,7ー8時間は車で移動しての調査.他の班員とともに乾燥した大地を駆け抜けた一日でした.

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すでに乾季に入っており,からからの気候です.四駆で移動といはいえ,事故をおこさず,野生イネを見落とさずと気が抜けない調査でした.なぜ,オーストラリアの宿にはお風呂がないのだろう?シャワーだけでは体も疲れるのが日本人ですね

雨季では洪水注意だけど・・・・

さすがに畜産王国でした

オーストラリアにもカウボーイがいるかと思っていたら,

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乾季になるのでこれからドナドナ・・・♬ 多くの牛が競売にかけられるために移動するトラックをみましたが,こうして広大な大地からかき集めていたのです.カウガールもいました.かっこいい!

論文でました
Sequencing of Australian wild rice genomes reveals ancestral relationships with domesticated rice
Marta Brozynska,Dario Copetti,Agnelo Furtado,Rod A. Wing,Darren Crayn,Glen Fox,Ryuji Ishikawa,Robert J. Henr
First published: 23 January 2017Full publication history DOI: 10.1111/pbi.12674, PLANT Biotechnology Journal

Muto, C., R. Ishikawa, K.M. Olsen, K. Kawano, C. Bounphanousay, T. Matoh, Y-I. Sato (2016) The origin and diversification of wx allele of glutinous indica rice landraces through the traditional slash and burn system in northern Laos. Breed. Sci. Breeding Science 66: 580–590 (2016) doi:10.1270/jsbbs.16032

Ishikawa, R., N. Badenoch, K. Miyagi, K. Medoruma, T. Osada, M. Oonishi. (2016) Multi-lineages of of Shiikuwasha (Citrus depressa Hayata) evaluated by using whole chloroplast genome sequences and its bio-diversity in Okinawa, Japan. Breed. Sci.Vol. 66 (2016) No. 4 p. 490-498 http://doi.org/10.1270/jsbbs.15151

シークヮーサーの在来優良品種候補(詳細はこちら

奥地区の優良品種を現地の方とともに調査しています

早生,中生,晩生など優良な品種分化がみられ,適正出荷や品質の違いによる販売なども行える貴重な果実です.

詳しくはこちらへ!!
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仲本シードレスはすでに品種化されていますが,その他の在来系統はまだ品種としての位置づけがされていません.現在,DNAで識別して完全長葉緑体ゲノムを解析しています.

沖縄の優良在来カンキツ

シマカーブチーは大型のカンキツであり,沖縄では唯一1本残っているもの

与論島のイシカタと同一系統であることがDNA解析でわかってきました

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10月時点でのシークヮーサーとの果実比較

大宜味村では数多くの稀少在来種が保全されています.今後の有効活用のために調査が必要ですt.

2015年12月,2016年11月のベトナム野生イネ「調査

ミトー〜カント地域の野生イネ調査

雄性不稔個体がみられる集団

道沿いの野生イネ集団では雄性不稔個体が混在しています.ミトコンドリア異常が期待され,栄養生殖を優先させるために不稔が生じている可能性があります..
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ミトーの野生イネ集団

この集団でも雄性不稔がみられました

南ベトナム農御油研究センターとの二国間共同研究では,野生イネの特殊な遺伝資源の探索とその育種利用を検討しています.

2016年6/4-6タイ共同研究打ち合わせ(カセサート大学,タイ・イネ局)

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雄性不稔野生イネについての共同研究をすすめます

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セミナーで熱心に話を聞いてくれる学生たち

イネ局との共同研究を推進することですすめていきます.

2016年6月オーストラリア,PNG0512調査

PNGではJICAならびにラエの国立農業研究センターにいって打ち合わせをして野生イネならびに在来種の調査について情報交換をしてきます

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2016年6月,8月のオーストラリア生態調査をすすめます

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新学術領域始まります 

稲作と中国文明ー総合稲作文明学の新構築

東アジアではイネの栽培化が基盤となり東洋の文明を築きあげました.その過程を明らかにする研究です.代表者:中村 (金沢大学)

*2015年9月21-26日は南京の江蘇省農業科学院での考古ラボの立ち上げ打ち合わせ
*2016年5月7-10日中国農業大学での共同研究をLi教授らとすすめることになりました
*2016年9月に杭州での遺跡調査,中国との合同会議
*2017年江蘇省農業科学院での考古ラボの立ち上げです!3/2ー7日.
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ベトナム野生イネ調査

千葉大学中村研究室,東北大学鳥山研究室と合同調査を行いました.詳細は,下記の二国間共同研究参照

漂流するイネ

多年生イネは漂流して,異なる場所でまた栄養繁殖しているようです
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川岸の野生イネ集団

船をチャーターして,川岸からしかアクセスできない多年生野生イネを採集しました.現地研究機関との共同で調査をすすめて論文にする予定です.

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シークヮーサーの知恵:日本在来カンキツ多型調査は継続しています

与論島でのイシカタ,沖縄本島での島カーブチーなどの多様性を次世代ゲノムデータから解析します.シークワサーも本年度論文として出す予定です.
リンクはこちら

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ベトナムとの二国間共同研究(共同研究者,千葉大学中村郁郎先生,東北大学鳥山欽哉先生)

ベトナムとの共同研究:野生イネ遺伝資源評価を新たに開始します.これまでの研究成果をもとにベトナム野生イネの全ゲノム配列をもとに遺伝資源を評価し,地域特有な遺伝資源を確保して,イネ育種に利用することが目的です.2015年は8月上旬です.
ミトコンドリアの欠失を有する系統などベトナムに特有な野生イネを解析して,データを海外研究者らと本年中に論文を共同執筆する予定です.
二国間共同研究 こちら、共同研究先:クーロンデルタイネ研究所
研究の進捗状況などこちら

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オーストラリアの野生イネ : There are abundant wild rice. Unique evolution can be seen.

オーストラリアにはアジアとは異なる進化を果たしたイネが生息しています.アジア野生イネの原型とも考えられるイネが生息し,オーストラリアの野生イネと共存しています.ゲノム解析データを活用して,生態調査を行うことで特殊性を明らかにしています.これらの野生イネは日本の栽培イネの改良のために,耐病性や耐暑性などの解析を行う予定です.研究の進捗状況などこちら.2013-15の海外学術研究がスタートします.2015年4月8日-15日,5月上旬調査です
オーストラリア調査:2014年6月5-11日,西オーストラリアへの野生イネ分布調査にいってきました.

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Wild rice in Thai : in-situ conservation is required urgently to protect bio-diversity, which is valuable for resources to improve cultivated rice for our future food supply.

タイの野生イネは地域開発のために生息地域に影響が及んでいます.一方,自生地保全区が国のプロジェクトとして進められており,その中から耐病性系統や酸性土壌耐性の系統が見出されています.これらの遺伝子や在来種の遺伝資源をタイのイネ改良,ひいては将来のアジアの遺伝資源として解析するプロジェクトをすすめます.
*プラチンブリ自生地保全区の野生イネについて Prachinburi in-situ conservation site
*タイとの共同研究について イネの国タイ

*6/5-7日 Thai Famrer's dayの農業協同組合省イネ局の研究トピックス(Maruay Garden hotel にて開催)に出席してきます.野生イネの育種への活用と気象変動化における今後のイネ育種についての課題プレゼンです.

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香り米:香ばしい香りのするお米は日本やアジア各地にみられます.その遺伝的多様性を解析しています

県立広島大学の猪谷先生とともに日本の香り米の遺伝資源の解析,東北で生まれた香り米の解析をすすめています.

研究の進捗状況などこちら

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Wild rice in Cambodia

カンボジアの野生イネは隣国でありタイともベトナムとも変わった遺伝形質を示します.栽培種成立と関連して興味深い細胞質ゲノムの多様性を示します.こちら

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Landraces in Laos: even same variety included various genotypes

ラオス在来種の遺伝変異やラオスの野生イネ自生地保全区の多様性調査研究の進捗状況などこちら

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高温登熟障害である胴割れ回避のためのプロジェクト

北東北のイネは高温による胴割れを生じやすい傾向にあります.これまで耐冷性の改良のために遺伝資源にボトルネックが生じた可能性があります.この改良のために,’まっしぐら’ならびに’恋ほのか’のゲノムを解読し,’恋ほのか’の耐性を良食味系統に付与する研究をすすめています.研究の進捗状況など

弘前大学概算要求プロジェクト2011-2015年度「冷温帯地域の遺跡資源の保存活用促進プロジェクト
 - 環境激変期における資源利用戦略の学際的研究 -」北日本における環境激変への対策として,過去人類の遺跡資源に着目し,保存科学・植物遺伝学・地理学・地質学の各領域からの多角的分析と,国内外研究機関との連携によって,その資源の遺産的価値を向上させるとともに,その遺伝資源を利用した環境激変対応作物の開発を通じて,将来の地域開発・地場産業の活性化に寄与する。研究成果はこちらならびに人文での解説webに公開予定

*本がでました!!

石川隆二 (2016) 第1章 奥で保存活用されるシークヮーサーの知恵(大西正幸・宮城邦昌 編著)環境人間学と地域 シークヮーサーの知恵 やんばるの「コトバ-暮らし-生きもの. pp.33-66,京大出版会,京都,日本.ISBN: 9784814000258 発行年月: 2016/03

大西正幸・石川隆二・ネイサン・パデノック (2016) 終章 「コトバ-暮らし-生きもの環」の未来 ー奥・やんばるモデルを共有する.(大西正幸・宮城邦昌 編著)環境人間学と地域 シークヮーサーの知恵 やんばるの「コトバ-暮らし-生きもの. pp.465-501,京大出版会,京都,日本.ISBN: 9784814000258 発行年月: 2016/03

ユーラシア農耕 1.モンスーン農耕圏の人びとと植物 (臨川書店)
アジア遊学(勉誠出版) No.55 メコン 風土と野生イネ 19-29ページ(2003),
佐藤洋一郎・石川隆二(2004) 〈三内丸山遺跡〉植物の世界,裳華房,東京.


新しい論文でました.
Marta Brozynska,Dario Copetti,Agnelo Furtado,Rod A. Wing,Darren Crayn,Glen Fox,Ryuji Ishikawa,Robert J. Henr
(2017) Sequencing of Australian wild rice genomes reveals ancestral relationships with domesticated rice. First published: 23 January 2017Full publication history
DOI: 10.1111/pbi.12674, PLANT Biotechnology Journal

Muto, C., R. Ishikawa, K.M. Olsen, K. Kawano, C. Bounphanousay, T. Matoh, Y-I. Sato (2016) The origin and diversification of wx allele of glutinous indica rice landraces through the traditional slash and burn system in northern Laos. Breed. Sci. Breeding Science 66: 580–590 (2016) doi:10.1270/jsbbs.16032

Ishikawa, R., N. Badenoch, K. Miyagi, K. Medoruma, T. Osada, M. Oonishi. (2016) Multi-lineages of of Shiikuwasha (Citrus depressa Hayata) evaluated by using whole chloroplast genome sequences and its bio-diversity in Okinawa, Japan. Breed. Sci.Vol. 66 (2016) No. 4 p. 490-498 http://doi.org/10.1270/jsbbs.15151

Hao Y, M Akimoto, R Kaewcheenchai, M Sotowa, T Ishii, R Ishikawa (2015) Inconsistent diversities between nuclear and plastid genomes of AA genome species in the genus Oryza. Genes & Genetic Systems 2016 Mar 23;90(5):269-81. doi: 10.1266/ggs.14-00063. Epub 2015 Dec 18.

Tanaka, K.,N Kamijo, H Tabuchi, K Hanamori, R Matsuda, J Suginomori, Y-I Sato, T Udatsu, R Ishikawa (2016) Morphological and molecular genetics of ancient remains and modern rice confirm diversity in ancient Japan. Genetic Resources and Crop Evolution. Accepeted (審査あり)

その他の研究論文はこちら

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At Cairns, shall we start?In front of 4WD at 6AM1st contact! It's wild, meridionalis at MareebaBesides sugarcane fieldGo beyondLunch, have a bite!Lakeland, fields of wild riceP24 site, where once Oryza australiensis was found. After burned small population shifted to the other side.australiensisBefore dry season, they prepared to shatter seedsP5 site, where annual and perennial sub-populations were coexisted.Work, work, and workHow their evolutionary way happenedWater liliesPp10 site, march to exact point GPS indicatedPerennial strains stands and annual fallen down after their shattering seedsEmergence of new shootsP12australiensis and meridionalis, maybe partly rufipogon Have enough yields?rhizomes of australiensisposeanother poseJpn2 site as perennial populationEnough water level to keep the populationNew root and shoot from stemsEmuuuuuuuuuuuuuuuu!New site!At the last moment before sunsetCheeseBirds over savanna orestBlue skyCappuccinoP26 siteCanoe againGold glorious life of perrenailsOne day afternoonStranger in dinner

2011Field research at Queensland, Australia