2019.09.04

This is a web site introducing Ryuji Ishikawa. Please visit English version (Click here).Link:研究室カレンダー,旅行中の連絡先は ishikawa (at) hirosaki-u.ac.jp よく使うリンク:RAPhttps://rapdb.dna.affrc.go.jp),Shigen

講義関連ファイル:
 

AS996変異体

学生実験で幼苗をみていた個体が大きくなり,花の構造変異など新たな変異体がでてきました.籾の丸いものや大きくなったものは新たな品種としての利用価値もありそうです.

 
籾はイネの花です.その中に多くの花ができてしまうのは
OsMADs6関連の変出体だと思われます.そのような変異体が複数でてきました.

細い頴花.正常のAS996に比較して細くなっているためむき出しの玄米が見えます

クリックすると拡大します。

 

転移因子,トランスポゾンによる変異体出現

北海道の易突然変異体から出現したA32(風連坊主).この系統から,穂が白くなり,葉に葉緑素キメラの組織が生じるA32(virescent)が生じました.今年はこの変異体の遺伝子をクローニングする予定です.また,タイの在来種と交雑することにより,さらに変異率が高まり,fyd(五円玉矮性)が出現しています.これらは次世代シークエンス情報をゲノムDNA解析に用いて,トランスポゾン転移箇所の同定を行っていきます.

キメラ組織わかりますか?

発芽後3週間

3ヶ月たってもこれくらいです

 
Links;

弘前大学Hirosaki University, 農学生命科学部Faculty of Agriculture and Life Science科研費,
NCBIPubMed
Genome DB:OryzabaseRAP databaseMSU genome, QTLデータベース 
QTARO

 
Marker 選抜情報:NARO(いもち,他形質)

遺伝研DDBJ,  ゲノム情報emsembl plantsGramene (SSR-tool, Exploere genome including Expression atlas), Plant Transcription factor database, 進化系統Phytozome
TE: SINE, Repeat masker. giri Repbase
葉緑体・ミトコンドリアゲノム情報Organelle, Motif search, イネ形態分類Rice anatomy,
Software: Primer 3,  シークエンス編集APE,  SNPDnaSP,DNA進化系統解析MEGA, 集団構造解析 Structure, 集団遺伝学解析ツールGeneAlex, 遺伝子型による系統樹Populations

SNP search: 日本在来種間のSNP(qtaro by NARO)、Rice 50 genome (Tm,Tr,aroma,IndicaなどIR36含む.INDEL-search可能)
IRRIでのSNP-search
ゲノム内,組織やストレス特異的転写情報,圃場条件での発現量

TENOR(Gbrowse for transcript, click the gene you want)
RiceXPRO (data setExProFlip(Reproductive organ w/heatmap, Nutrient ),SLK institute(Indica transcript at various organs)

研究室における研究課題

エチオピア在来種・改良種の遺伝資源としての評価
ベトナム野生イネ由来の酸性土壌耐性遺伝子の生理的特性解析と遺伝子単離
胴割れ耐性の良食味イネ品種の作出と遺伝機構の解析(ライケットとの共同研究)
オーストラリア野生イネ由来の大粒遺伝子の解析と育種的利用
(オーストラリア野生イネの葯長制御因子の遺伝解析)
胴割れ耐性の酒米品種作出と酒米関連遺伝機構の解析(三浦酒造との共同研究)
台湾で絶滅した野生イネの遺伝的多様性解析
栽培ヒシの多元的栽培化機構の解析
沖縄県大宜味村奥地区のシークワサーの遺伝的多様性評価と良食味系統の普及事業
熊本県水俣市久木野地区のもち万石の純系維持に関する研究(久木野ふるさとセンター愛林館との共同研究)

エチオピアの野生イネ

エチオピアイネ研究研修センター

このセント-は新たな穀物資源としてのイネ品種開発のために育種研究が行われています.

JICAスタッフも入り,栽培指導から育種についての調査や研究協力が行われています.

圃場にはアフリカの野生イネもみられます

Oryza longistaminataは乾燥に強い多年生です.1月は乾期でしたが,たくましくいきていました.
 

このような野生イネも栽培種として導入されたアジアイネであるOryza sativaとの交雑で現地適応する栽培品種改良に利用できることでしょう.

Oryza longistaminata 

 

他殖性:太い柱頭も外にでている.

リゾーム:地下部の茎

クリックすると拡大します。

 

武漢植物園の水生植物展示

武漢植物園のLi先生に菱など水生植物の研究情報について意見交換してきました

素晴らしい水生植物の展示システムを持っています

植物園脇の水源を利用した展示システムとバックヤードは研究用水槽が並んでいます

アットホームな研究室で標本のバインダー横でネズミ捕りに協力する猫たち

大学院生とともに研究院が水生植物の生態や遺伝解析を行っています.いつでもきてヒシの共同研究ができるとのことでした.楽しみです.

台湾で絶命した野生イネをみる

苗粟農業試験場にいるSujein Wangさんは遺伝研名誉教授(わたしが大学院のときにた森島研究室の前の教授であり,野生イネ研究の退化である岡 彦一先生が台湾の中興大学で教授された最後のお弟子さんです.わたしの姉弟子でしょうか.台湾で絶滅した野生イネを施設内保全しているため,今後絶滅した台湾野生イネの研究を進めることにしました


苗栗試験場

絶滅した野生イネ

 

台湾におけるカジノキの研究(中央研究院)/台中の中興大学

 

中央研究院生物多樣性研究中心における鍾國芳先生にはカジノキについてのPNASのデータについて議論ができて,今後の和紙の木における遺伝的研究を進めるための情報をいただきました.

中興大学は岡彦一先生が旧台湾帝国大学のときに教えていた大学です.国立遺伝学研究所を退官してからも客員教授として写真にみられる郭先生や王先生などと話しをすることができました.来年中興大学100周年記念では岡先生についてのシンポジウムを企画するようです.

野生イネにみられる大粒遺伝子

クイーンズランド大学との共同研究もいよいよ大詰め

 
オーストラリア大陸において分化した野生イネとして,Oryza meridionalisが知られています.また,アジアからのO. rufipogonも進出しています.ところが,我々の現地調査により,大粒を示す野生イネ,Taxa B (Jpn2)(Sotwa et al. 2013,Brozynska et al. 2014,2017)が見つかりました.現在,この遺伝子を交雑によりT65に導入したT65Lを育成して,原因遺伝子の同定とともに品種改良をすすめています.いずれオーストラリアでの栽培において,現地や野生イネを利用した栽培品種として利用されることになっています.
 
 

 
写真:左からアジアの野生イネルフィポゴン,オーストラリアの野生イネ;Jpn1, Jpn2, メリディオナリス)

沖縄の有用カンキツの研究(詳細はこちら

 
新たに論文採択されました。Dinh Thi Lam and Ryuji Ishikawa (2018)Molecular discrimination of landraces of Citrus species in the Okinawa,Japan. Genet. Resour. Crop Ev. (In print).

  • 沖縄のカンキツの代表格,シークワサーにも多様な変異があります.地元の文化の中で残されてきた大切な遺伝資源です.

Water chestnut research(詳細はこちら

 

福岡県大木町での栽培

佐賀県神埼市での栽培


 
 ヒシの栽培化の研究:新学術(総合稲作文明学の新構築:金沢大学中村慎一代表)での分担課題にて,ヒシの栽培化検証をすすめています.ゲノム解析から生態調査を行っています.